Hola Juan,
Como bien te dice Jennifer, si cuando fuiste trabajador del ISSSTE elegiste el sistema de bonos pensionales y te inscribiste al IMSS por relación laboral, puedes transferir los derechos de los años cotizados al instituto.
Es altamente probable que en uno y otro o ambos institutos te digan que esto no se puede hacer, pero ello no es verdad, porque la idea de hacer la llamada "portabilidad de pensión" es que personas como en tu caso tengan una pensión única. El convenio de portabilidad entre IMSS e ISSSTE para facilitar el proceso de transferencia de derechos está en la Ley del ISSSTE a partir de los artículos 149 y dicho convenio quedó firmado el 17 de febrero de 2009 por autoridades de ambos institutos y está disponible para el público.
Si vas a tramitar esto es conveniente que antes acudas a una subdelegación del IMSS y pidas un documento que indique las semanas cotizadas que tiene registradas el instituto, para que con ello compares las que dices que tienes y si hay algún error lo arregles antes de iniciar cualquier trámite al respecto.
Una vez que tengas reconocidas ante el IMSS tus semanas hay que hacer lo siguiente:
1. Ir a la ventanilla de Afiliación y Vigencia de Derechos del IMSS/ISSSTE (debes ir a donde hayas cotizado por más tiempo) y ahí solicitarás la portabilidad de los derechos.
2. El instituto te debe entregar la solicitud de transferencia de derecho, debes llenarla. Luego el instituto recibirá, validará y registrará la solicitud.
3. El instituto va a revisar la información los periodos de aportación con su base de datos, si todo está bien procederá a realizar la solicitud de transferencia.
4. Si hubiera algún problema con los periodos (por ejemplo que falten o no los tenga registrados), el instituto te lo debe notificar para revisar con la información que tengas. Es importante que no firmes nada hasta que todo esté bien validado.
Saludos.