El problema es que la cantidad que abona FOGASA es un importe "neto teórico", ya que las cantidades adeudadas que se le informan cuando se presenta un expediente son netas, descontadas las retenciones de IRPF y cotizaciones de la SS que debieron ser practicadas por el empresario.
Pero luego resulta ser un "bruto en la práctica", porque cuando posteriormente ese importe es reflejado en la declaración de la renta e incrementa las retribuciones globales percibidas, podría volver a tributar, ya que no se le permite reflejar las partidas de retenciones de IRPF y cotizaciones de la SS que estaban asociadas a los salarios originales. Recuerdo que de esto último el único responsable es el empresario. Y si en efecto se produce esa tributación, se habrán acumulado dos tributaciones. Espero que se entienda.
¿Podría ocurrir que el empresario ni abonase los salarios al empleado y tampoco cumpliese con su obligación de realizar los ingresos correspondientes a esas retenciones y cotizaciones? Sí. Es el escenario que ha descrito Mariete A en la respuesta #10. Pero el empresario sigue siendo el único responsable de lo último y desde las administraciones debieran perseguirlo (como tú comentas, batiscafo, podría ser competencia de FOGASA, que creo que no lo es ahora mismo). Y por otro lado, puede darse el caso de que el empleado compruebe en sus datos fiscales de la Agencia Tributaria y cotizaciones de la Seguridad Social que sí se realizaron los ingresos, por lo que lo único que no terminó haciendo el empresario fue el abono de sus nóminas. Pero ni siquiera en este último escenario consigo encontrar base legal para defenderlo ante terceros. He leído razonamientos según los cuales el empresario no debió realizar los ingresos al no hacer efectivo el abono de las nóminas al empleado.
Y yo no he visto que FOGASA informe en las resoluciones de sus expedientes ninguna circunstancia sobre si el empresario estaba al día de sus obligaciones. Creo que ellos simplemente cogen las cantidades (netas) informadas, le aplican sus límites, y proceden al abono.
Una solución podría ser que FOGASA y Agencia Tributaria compartieran unos criterios consistentes. Mariete A comenta en #21 cómo en dos llamadas a la AEAT recibió indicaciones diferentes sobre si podía incluir o no importes de retenciones y cotizaciones a la SS.
Como suele decirse, según mi modesta opinión y a la espera de que alguien corrija alguno de mis razonamientos, que seguramente malinteprete algo o haya pasado por alto cierta reglamentación que desconozco.
Un saludo.