Hola Superfondista, el FCF de la cartera es negativo porque la media ponderada del FCF de la composición de la cartera es negativo. Por tanto, los ratios P/FCF y EV/FCF son también negativos.
La interpretación sería la misma que haríamos de un solo valor.
Como apuntaba otro compañero (The Rebuzner):
"Un FCF negativo significa que la empresa deberá vender parte de sus inversiones, aumentar la deuda o emitir acciones para poder mantener su nivel operativo planeado. Si el FCF permanece en negativo durante varios años, es posible que la empresa tenga muchas dificultades para emitir nueva deuda y nuevas acciones." (https://www.rankia.com/blog/toros-osos-y-borricos/432922-analizando-cash-flow)